Vijeće Ministara BiH je na 65. sjednici održanoj 21.07.2016. godine usvojilo Pravilnik o uslovima i načinu korištenja e-Aukcije u sistemu e-Nabavke. Pravilnik je objavljen 06.09.2016. godine u Službenom glasniku BiH broj 66/16 i stupa na snagu osmog dana od dana objavljivanja u Služebnom glasniku, odnosno 14.09.2016. godine.
Pravilnikom o uslovima i načinu korištenja e-Aukcije Agencija je definisala i obaveznost korištenja ovog modula u narednom periodu, te će e-Aukcija biti obavezna za korištenje u 30% postupaka koje provode ugovorni organi u 2017. godini, 50% postupaka u 2018. godini, 80% postupaka u 2019. godini, dok će od 01.01.2020. godine svi postupci u kojima je objavljeno obavještenje o nabavci i tenderska dokumentacija i gdje je kriterij najniža cijena, morati završiti e-Aukcijom.

E-Aukcija predstavlja produženje faze dodjele ugovora, tako što se svim ponuđačima koji su dostavili tehnički zadovoljavajuću ponudu omogući prilika da, elektronski putem sistema, u tačno određenom vremenu, metodom obrnute aukcije, poboljšaju svoje inicijalno poslane ponude podnošenjem novih cijena, izmijenjenih naniže, u slučaju kriterija najniža cijena, ili cijena i novih (poboljšanih) vrijednosti koje se odnose na određene elemente ponuda, u slučaju kriterija ekonomski najpovoljnija ponuda. Ugovor se po okončanju e-Aukcije dodjeljuje ponuđaču koji je na kraju e-Aukcije imao najpovoljniju ponudu.